Fatal error: Uncaught Exception: Error: MySQL server has gone away Error No: 2006
Такая ошибка возникает чаще всего при длительном соединении с БД. Например, когда обновляются остатки товаров или статусы у большого количества заказов.
Одним из простых способов решить ошибку будет увеличение для MySQLi параметра wait_timeout.
В файле public_html/system/library/db/mysqli.php
добавьте
$this->connection->query("SET SESSION wait_timeout = 200");
200 секунд должно хватать для нормального выполнения задач. При необходимости можно увеличить время ожидания.